中图分类：S968.35

学科分类：240.20

成果类别：基础理论

成果水平：未评价

研究起止时间：2007-01～2009-12

评价形式：结题

为了开发马氏珠母贝微卫星分子标记,了解养殖的马氏珠母贝群体对野生马氏珠母贝群体的影响,申请了国家自然科学基金的资助,通过研究,开发了一一批马氏珠母贝微卫星分析标记,阐明了马氏珠母贝养殖群体的种群遗传多样性,在试验设计和技术方法上为如何解决评估海水养殖种类对野生种群遗传多样性影响这一难题提供科学依据。具体成果为： （1）从血液和外套膜等9个马氏珠母贝组织的cDNA文库中挑选的克隆共获得6979个EST序列,从中查找到了243个含微卫星的EST,共有68个EST-SSR,含微卫星的EST数占EST总数的3.48％。268个EST-SSR中有25个是复合的（Compound）,占9.3%。双碱基重复序列130个,占48.5%,其中（AT/AT）n类型最常见,约占总位点数的29.1%,重复长度不小于18bp的微卫星位点的序列数为18个;三碱基类型的83个,占约31%,其中（AAT/ATT）n和（AAG/CTT）n较多,占了三碱基类型的一半,重复长度不小于18bp的微卫星位点的序列数仅有5个;四碱基重复的有30个,占11.2%,（AAAT/ATTT）n形式占了该类型的约50%,重复长度不小于18bp的微卫星位点的序列数为19个;其余重复类型均较少,合起来30个,约占 9.3%,重复长度均不小于18bp。170个含微卫星的EST序列可以用于引物设计,通过Primer 3 在线设计,设计了151个微卫星引物,其中130对可以扩增,占合成引物总数的86.09%。筛选出多态性微卫星45对,占29.08%。 （2）利用马氏珠母贝养殖的三亚近交家系F3和印度近交家系F7研究了微卫星位点（EST-SSR）的遗传特征。在10个EST-SSR中观察到20种基因型,其中6种基因型比例符合孟德尔遗传,14种基因型比例偏离孟德尔遗传规律且存在无效等位基因。有5 个微卫星位点在两家系中均出现无效等位基因。只有3个微卫星位点在单一家系中为单态,其余均呈多态。 （3）采用磁珠富集技术在马氏珠母贝全基因组中筛选微卫星,共获得1671个微卫星序列,微卫星序列获得率为90.77%,其中完美型（Perfect）为1195 个,占71.51%;非完美型（Imperfect）为413 个,占24.72;非完美的混合型（compound imperfect）为19 个,占1.14%;而完美的混合型（compound Perfect）44 个,占2.63。微卫星重复次数n≥16 的为1074 个,占64.27%。对1671 个微卫星序列中219 个序列进行引物设计和合成,69 个引物的筛选并具有多态性。 （4）采用17个EST-SSR位点分析了马氏珠母贝印度种群和三亚种群的遗传多样性,马氏珠母贝印度种群和三亚种群的平均Fst值为0.486,两个种群的分化程度高,三亚种群和印度种群的等位基因丰度分别为3.16和3.39;印度种群无论是期望杂合度（He）还是观察杂合度（Ho）都高于三亚种群;三亚种群和印度种群的固定系数（Fis）分别为0.67和0.68; （5）以6个野生群体和3个养殖群体为材料,以10个微卫星引物分析了养殖种群对野生种群遗传结构的影响,养殖对海南东南部三亚野生种群遗传多样性不会造成影响或影响甚微,建立了一套评价马氏珠母贝人工养殖对野生种群遗传多样性变化的微卫星分子标记监控技术和评价体系。