中图分类：S794.1

学科分类：220.20

成果类别：基础理论

成果水平：国际先进

研究起止时间：2010-01～2012-12

评价形式：评审

巴西橡胶树是重要的经济作物,可供参考基因序列的缺乏严重阻碍了橡胶树基因的克隆与功能鉴定。在橡胶树基因组序列公布遥遥无期的情况下,随着第二代高通量测序技术的出现与应用,大规模测序成本得到极大的降低,使得普通实验室能够有能力开展某一物种的转录组测序。在此背景下,本项目组自筹经费,对橡胶树的光合作用部位叶片、胶乳合成重要部位树皮、胶乳的总RNA进行了高通量测序,期望获得参与橡胶树基本生命活动及胶乳合成相关的所有表达基因的序列信息,建立起橡胶树转录组数据库;同时对获得转录组序列进行分析,大规模开发出基于EST的分子标记,如EST-SSR,基于内含子侧翼序列的EST-PCR标记等,本成果发表3篇SCI论文和1篇核心期刊,累计影响因子达10.394。本项目首次采用高通量Solexa测序技术,对巴西橡胶树的叶片、胶乳和树皮的转录组进行了测序,经过从头组装建立起包含48768个单一基因序列（Unigene）的橡胶树转录组的数据库,该转录组数据几乎涵盖了主要代谢途径的已知基因,其中39208个Unigene在NCBI橡胶树数据库找不到相关信息,为橡胶树上新发现的EST序列。首次利用橡胶树树皮转录组数据开发了39257个EST-SSR分子标记。并利用13个橡胶树品种中对随机挑取的110个EST-SSR进行了多态性分析,PCR的扩增成功率与多态性分别达到96.36% 和55.45%。国内外唯一利用现有橡胶树EST序列的外显子-内含子剪切接合位点的预测数据,开发出一套基于内含子侧翼序列的EST-PCR标记,此分子标记比常规分子标记的多态性高3.43倍。本课题的顺利实施不仅为巴西橡胶树的研究提供了大量序列信息,极大丰富了橡胶树基因数据库,也为巴西橡胶树基因表达分析、基因组和功能基因组等领域研究提供了参考信息,使得橡胶树基因的分离彻底的告别设计简并引物进行同源克隆的麻烦步骤,大大的加快了橡胶树基因的分离进程。开发出来的分子标记也将为评价橡胶树种质资源和构建相关遗传图谱服务;有助于橡胶树基因组序列的拼装与分子标记辅助选择育种。