2023年1月4日,海南大学生命科学学院闵义教授指导2019级生物技术专业宋锦佳同学(第一作者)、范本吉同学(第二作者)和邵潇蝶同学(第三作者)在《Frontiers in Plant Science》(JCR Q1;IF:6.627)期刊发表题为"Single-cell transcriptome sequencing atlas of cassava tuberous root"的论文,首次绘制了木薯块根单细胞转录组图谱,为探究块根分化和发育进程奠定基础。
木薯(Manihot esculenta Crantz)是最具潜能的生物能源作物,也是世界公认的应对粮食危机的重要作物之一。单细胞转录组测序(scRNA-seq)可在单细胞水平分析基因表达网络,高分辨率表征细胞异质性,鉴定稀有细胞,,解析细胞分化轨迹以及细胞对环境的响应。目前针对富含淀粉的块根类组织的单细胞测序未见报道。
研究对木薯块根进行scRNA-seq,鉴定了14种细胞类型,并建立了高分辨率木薯块根单细胞转录组图谱。
通过对不同组织细胞的功能富集和拟时分析,清楚解析了维管组织和皮层组织的分化轨迹。并且皮层组织的分化轨迹分析中,鉴定到稀有凯氏带,阐明了凯式带与内皮层的分化关系。
论文链接:https://doi.org/10.3389/fpls.2022.1053669
(文/图:闵义,审核:郑育声)