会员代表大会是联盟最高权力机构，由联盟会员单位组成，每年召开一次会议。 理事会是联盟会员代表大会的执行机构，负责行使会员代表大会闭会期间的各项职权。 联盟每年设置一个轮值主席单位，负责理事会工作。负责根据联盟工作计划，组织召开年度会员代表大会，统筹协调联盟各项活动。轮值主席单位由理事会从理事单位中选举产生。 秘书处是理事会的日常办事机构，负责联盟日常事务和项目的协调、管理工作。秘书处设在海南大学。